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Commit 9196de5

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simplification de B04La
1 parent d4d55ab commit 9196de5

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inst/tutorials/B04La_nls/B04La_nls.Rmd

Lines changed: 19 additions & 43 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -4,7 +4,7 @@ author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
44
description: "**SDD II Module 4** Application des concepts liés à la régression non linéaire"
55
tutorial:
66
id: "B04La_nls"
7-
version: 1.0.0/5
7+
version: 1.1.0/5
88
output:
99
learnr::tutorial:
1010
progressive: true
@@ -78,31 +78,25 @@ df1 <- tibble(
7878
)
7979
```
8080

81-
```{r expo_h3, exercise = TRUE, exercise.setup = "expo_prep"}
82-
expo <- ___(___, ___, ___, ___)
81+
```{r expo_h2, exercise = TRUE, exercise.setup = "expo_prep"}
82+
expo <- ___(data = ___, ___ ~ ___(t, ___, ___), start = list(___ = ___, ___ = ___), trace = TRUE)
8383
summary(___)
8484
```
8585

86-
```{r expo_h3-hint-1}
87-
expo <- nls(data = ___, ___ ~ exponent(___, ___, ___),
88-
start = list(___), trace = ___)
89-
summary(___)
90-
```
91-
92-
```{r expo_h3-hint-2}
86+
```{r expo_h2-hint-1}
9387
expo <- nls(data = df1, y ~ exponent(t, ___, ___),
94-
start = list(y0 = ___, k = ___), trace = ___)
88+
start = list(y0 = ___, k = ___), trace = TRUE)
9589
summary(___)
9690
#### ATTENTION: Hint suivant = solution !####
9791
```
9892

99-
```{r expo_h3-solution}
93+
```{r expo_h2-solution}
10094
expo <- nls(data = df1, y ~ exponent(t, y0, k),
10195
start = list(y0 = 1, k = 0.5), trace = TRUE)
10296
summary(expo)
10397
```
10498

105-
```{r expo_h3-check}
99+
```{r expo_h2-check}
106100
grade_code("Félicitation ! Voici ton premier modèle non linéaire... et certainement pas le dernier.")
107101
```
108102

@@ -122,101 +116,83 @@ Aidez-les en réalisant les différents modèles proposés ci-dessous et sélect
122116

123117
A partir du jeu de données `tumor`, modéliser la croissance tumorale (`volume`) en fonction du temps (`time`) en utilisant une courbe logistique. Calculez le critère d'Akaïke pour votre modèle.
124118

125-
```{r tumor_logis_h3, exercise = TRUE}
126-
logis <- ___(___,___)
127-
summary(___)
128-
___(___)
129-
```
130-
131-
```{r tumor_logis_h3-hint-1}
119+
```{r tumor_logis_h2, exercise = TRUE}
132120
logis <- nls(data = ___, ___ ~ SSlogis(___, ___, ___, ___))
133121
summary(___)
134122
___(___)
135123
```
136124

137-
```{r tumor_logis_h3-hint-2}
125+
```{r tumor_logis_h2-hint-1}
138126
logis <- nls(data = tumor, volume ~ SSlogis(time, ___, ___, ___))
139127
summary(___)
140128
___(logis)
141129
142130
#### ATTENTION: Hint suivant = solution !####
143131
```
144132

145-
```{r tumor_logis_h3-solution}
133+
```{r tumor_logis_h2-solution}
146134
logis <- nls(data = tumor, volume ~ SSlogis(time, Asym, xmid, scal))
147135
summary(logis)
148136
AIC(logis)
149137
```
150138

151-
```{r tumor_logis_h3-check}
139+
```{r tumor_logis_h2-check}
152140
grade_code("Tu progresses bien ! Essayons un autre modèle pour voir si l'on peut trouver mieux.")
153141
```
154142

155143
### Modèle de Gompertz
156144

157145
A partir du jeu de données `tumor`, modéliser la croissance tumorale (`volume`) en fonction du temps (`time`) en utilisant le modèle de Gompertz. Calculez le critère d'Akaïke pour votre modèle.
158146

159-
```{r tumor_gomp_h3, exercise = TRUE}
160-
gomp <- ___(___,___)
161-
summary(___)
162-
___(___)
163-
```
164-
165-
```{r tumor_gomp_h3-hint-1}
147+
```{r tumor_gomp_h2, exercise = TRUE}
166148
gomp <- nls(data = ___, ___ ~ SSgompertz(___, ___, ___, ___))
167149
summary(___)
168150
___(___)
169151
```
170152

171-
```{r tumor_gomp_h3-hint-2}
153+
```{r tumor_gomp_h2-hint-1}
172154
gomp <- nls(data = tumor, volume ~ SSgompertz(time, ___, ___, ___))
173155
summary(___)
174156
___(gomp)
175157
176158
#### ATTENTION: Hint suivant = solution !####
177159
```
178160

179-
```{r tumor_gomp_h3-solution}
161+
```{r tumor_gomp_h2-solution}
180162
gomp <- nls(data = tumor, volume ~ SSgompertz(time, Asym, b2, b3))
181163
summary(gomp)
182164
AIC(gomp)
183165
```
184166

185-
```{r tumor_gomp_h3-check}
167+
```{r tumor_gomp_h2-check}
186168
grade_code("Bravo ! C'est impressionnant. Et si on en testait un dernier ...")
187169
```
188170

189171
### Modèle de von Bertalanffy
190172

191173
A partir du jeu de données `tumor`, modéliser la croissance tumorale (`volume`) en fonction du temps (`time`) en utilisant le modèle de von Bertalanffy. Calculez le critère d'Akaïke pour votre modèle.
192174

193-
```{r tumor_vb_h3, exercise = TRUE}
194-
vb <- ___(___,___)
195-
summary(___)
196-
___(___)
197-
```
198-
199-
```{r tumor_vb_h3-hint-1}
175+
```{r tumor_vb_h2, exercise = TRUE}
200176
vb <- nls(data = ___, ___ ~ SSasympOff(___, ___, ___, ___))
201177
summary(___)
202178
___(___)
203179
```
204180

205-
```{r tumor_vb_h3-hint-2}
181+
```{r tumor_vb_h2-hint-1}
206182
vb <- nls(data = tumor, volume ~ SSasympOff(time, ___, ___, ___))
207183
summary(___)
208184
___(vb)
209185
210186
#### ATTENTION: Hint suivant = solution !####
211187
```
212188

213-
```{r tumor_vb_h3-solution}
189+
```{r tumor_vb_h2-solution}
214190
vb <- nls(data = tumor, volume ~ SSasympOff(time, Asym, lrc, c0))
215191
summary(vb)
216192
AIC(vb)
217193
```
218194

219-
```{r tumor_vb_h3-check}
195+
```{r tumor_vb_h2-check}
220196
grade_code("Tu maitrises parfaitement la régression non linéaire !")
221197
```
222198

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