Added example of Newick string

Author: niemasd

example1/3-FitModel.html

@@ -12067,10 +12067,10 @@ <h2 id="Select-a-Classification-Method-(default-SVM)">Select a Classification Me
 
 
 
-<div id="5475fa2b-2069-4434-bdf6-2ba82c821185"></div>
+<div id="c9803ed7-ae68-4685-9a43-f9b14cf18a06"></div>
 <div class="output_subarea output_widget_view ">
 <script type="text/javascript">
-var element = $('#5475fa2b-2069-4434-bdf6-2ba82c821185');
+var element = $('#c9803ed7-ae68-4685-9a43-f9b14cf18a06');
 </script>
 <script type="application/vnd.jupyter.widget-view+json">
 {"model_id": "74da08556c454ff6b56a1a92e2771090", "version_major": 2, "version_minor": 0}

example1/4-Predict.html

@@ -11855,10 +11855,10 @@ <h2 id="Enter-a-Protein-Sequence-in-Text-Box">Enter a Protein Sequence in Text B
 
 
 
-<div id="442dc7c3-afbd-48f0-b70e-7b67dfb0c524"></div>
+<div id="661066e0-6c67-413b-87be-b9e5993e3f75"></div>
 <div class="output_subarea output_widget_view ">
 <script type="text/javascript">
-var element = $('#442dc7c3-afbd-48f0-b70e-7b67dfb0c524');
+var element = $('#661066e0-6c67-413b-87be-b9e5993e3f75');
 </script>
 <script type="application/vnd.jupyter.widget-view+json">
 {"model_id": "8fe4d82c523e40679fc85b146f493a16", "version_major": 2, "version_minor": 0}

example2/1-SimulateTree.html

@@ -1 +1 @@
-(((((((((((((((((((((((((((((((((((99:0.01469067218607259,98:0.01469067218607259):0.00010867436502948191,97:0.014799346551102072):0.0036467721464453207,96:0.018446118697547392):0.005099449974353382,95:0.023545568671900774):0.0012216487570290702,94:0.024767217428929844):0.0074465217430515485,93:0.03221373917198139):0.00603181760443966,92:0.03824555677642105):0.0031945285712625116,(91:0.02171221005502802,(((((90:0.002213717061181425,89:0.002213717061181425):0.0002283168070762176,88:0.0024420338682576426):0.0020721820756522125,87:0.004514215943909855):0.0012573840861187235,86:0.005771600030028579):0.0006676556756689822,85:0.006439255705697561):0.015272954349330459):0.019727875292655545):0.010643461758658629,84:0.05208354710634219):0.012718447472634287,83:0.06480199457897648):0.008493756512590683,82:0.07329575109156716):0.0052225330497095435,81:0.0785182841412767):0.001495880731167798,80:0.0800141648724445):0.008168525024738166,(79:0.0637066038977917,(((((((78:0.008505145245919499,77:0.008505145245919499):0.008162227348466722,76:0.01666737259438622):0.00898628296560966,75:0.02565365555999588):0.02190095544601814,74:0.04755461100601402):0.001923118875849672,73:0.04947772988186369):0.0016065959526636864,72:0.05108432583452738):0.007611778773769506,71:0.058696104608296884):0.005010499289494819):0.024476085999390967):0.00788145175603723,70:0.0960641416532199):0.0003813081411390695,(69:0.07437114391028565,(((((((((((((68:5.1340180141551395e-05,67:5.1340180141551395e-05):0.0015577119583893018,66:0.0016090521385308532):0.003410351662145955,65:0.005019403800676808):0.0004228204303694527,64:0.005442224231046261):0.00816334796940274,63:0.013605572200449001):0.001864690545164971,62:0.015470262745613972):0.0017659415026938519,61:0.017236204248307824):0.002247194190497348,60:0.019483398438805172):0.0011490342662088537,59:0.020632432705014025):0.008266251233699423,58:0.02889868393871345):0.007856872667137277,57:0.036755556605850725):0.0009015602503119058,56:0.03765711685616263):0.01841341588348977,55:0.0560705327396524):0.018300611170633252):0.022074305884073317):0.0001886658369805866,54:0.09663411563133956):0.007683067937929167,53:0.10431718356926872):0.01764934230579683,52:0.12196652587506555):0.0046655709906745085,51:0.12663209686574006):0.0045153149252795816,50:0.13114741179101963):0.00430852484308511,49:0.13545593663410477):0.0006255104669010275,48:0.13608144710100578):0.023617477939162558,47:0.15969892504016833):0.00130560664762705,46:0.16100453168779538):0.0012510407459439613,45:0.16225557243373934):0.009277411386364058,(44:0.13414965359003142,(((((((((((((((43:0.01244892406179443,42:0.01244892406179443):0.0031683922760679384,41:0.01561731633786237):0.0034369501675346747,40:0.019054266505397044):0.004677327361418515,39:0.02373159386681556):0.019991241689544637,38:0.043722835556360196):0.009913574417212856,37:0.05363640997357305):0.01043281452197431,36:0.06406922449554736):0.00535280590962578,35:0.06942203040517314):0.005005809292823932,34:0.07442783969799707):0.002586706152767293,33:0.07701454585076437):0.0035356189634813406,32:0.0805501648142457):0.013360899656431766,31:0.09391106447067747):0.011304406043476531,30:0.105215470514154):0.007308072985326347,29:0.11252354349948035):0.008939250353580619,28:0.12146279385306097):0.012686859736970452):0.03738333023007199):0.0020653815509651466,27:0.17359836537106854):0.014852762608120733,26:0.18845112797918928):0.009635442048233349,25:0.19808657002742264):0.006712231661726138,(24:0.17547015417332468,((((((((((((((23:0.0003507061974661052,22:0.0003507061974661052):0.0003978588107521053,21:0.0007485650082182105):0.008943989632014537,20:0.009692554640232748):0.014731506792860782,19:0.02442406143309353):0.005983633844950792,18:0.030407695278044322):0.006423456438062247,17:0.03683115171610657):0.04779981210855638,16:0.08463096382466295):0.007663682494864377,15:0.09229464631952733):0.03102287942299159,14:0.12331752574251892):0.037071626073194024,13:0.16038915181571295):0.009626617707218448,12:0.1700157695229314):0.0005276520410528729,11:0.17054342156398428):0.0007550099316779718,10:0.17129843149566223):0.00044074056968933933,9:0.17173917206535158):0.0037309821079730965):0.029328647515824105):0.000987080764424825,8:0.2057858824535736):0.0015053944886250555,7:0.20729127694219865):0.005515143538666596,6:0.21280642048086526):0.0010720806002857807,(5:0.01180504187546097,((((4:0.0007638956502396266,3:0.0007638956502396266):0.000911816715685021,2:0.0016757123659246476):0.002232232004620388,1:0.003907944370545036):0.0014131245319696506,0:0.005321068902514686):0.006483972972946284):0.20207345920569006):0.0036187496116274163;
+((((((((((((((((((((((((((((((((((((((99:0.029959523341435368,98:0.029959523341435368):0.004016365865679883,97:0.03397588920711525):0.0011923468230123913,96:0.03516823603012764):0.002055841219657295,95:0.03722407724978494):0.00024222195059753204,94:0.03746629920038247):0.012097530104143495,93:0.049563829304525964):0.0064138445494753005,92:0.055977673854001264):0.0014461675999418167,91:0.05742384145394308):0.0028059191567375574,90:0.06022976061068064):0.003927257079762048,89:0.06415701769044269):0.0037802681519752412,88:0.06793728584241793):0.008557047124133799,87:0.07649433296655173):0.0011810932765295434,(86:0.0005948864441348012,85:0.0005948864441348012):0.07708053979894647):0.0008181965520481782,84:0.07849362279512945):0.004215990237357109,83:0.08270961303248656):0.0013868438519785697,82:0.08409645688446513):0.013165531822693644,81:0.09726198870715877):0.03996459904804536,80:0.13722658775520413):0.0019009748441438656,79:0.139127562599348):0.01318557476468274,(78:0.006092057659042194,(((77:0.00110009409507128,76:0.00110009409507128):0.0017265120776419063,75:0.0028266061727131864):0.0026027726895897496,74:0.005429378862302936):0.0006626787967392578):0.14622107970498854):0.005568676025224206,73:0.15788181338925494):0.003919552138383964,72:0.1618013655276389):0.0014137915743965557,71:0.16321515710203546):0.019134161656292004,70:0.18234931875832747):0.0008819414104383749,69:0.18323126016876584):0.00973890157554061,((68:0.03892353251076275,((((67:0.0008597795323223023,66:0.0008597795323223023):0.006611125702610077,65:0.007470905234932379):0.02299065256124805,64:0.030461557796180427):0.007952762004397707,63:0.038414319800578134):0.0005092127101846144):0.10245665347946356,((((((((((((((((((((62:0.002386042352361728,61:0.002386042352361728):0.003936246539435195,60:0.006322288891796923):0.007724570293464517,59:0.01404685918526144):0.0013206933907011775,58:0.015367552575962617):0.019581375115076904,57:0.03494892769103952):0.005501592499535912,56:0.040450520190575434):0.016808187530307273,55:0.05725870772088271):0.0009086306521911558,54:0.05816733837307386):0.009844784437096354,53:0.06801212281017022):0.006891854820186061,52:0.07490397763035628):0.0008095653867117858,51:0.07571354301706806):0.006395673616470865,50:0.08210921663353893):0.0026983110739391136,49:0.08480752770747804):0.0022290644340677013,48:0.08703659214154574):0.018098750018941984,47:0.10513534216048773):0.005935457135850308,46:0.11107079929633804):0.005346697237227249,45:0.11641749653356528):0.004624304593478651,44:0.12104180112704394):0.010760894157924916,43:0.13180269528496885):0.0012186033832123633,42:0.13302129866818121):0.008358887322045094):0.05158997575408014):0.008932383243527547,41:0.201902544987834):0.015401538997716221,40:0.21730408398555023):0.025791349828245394,39:0.24309543381379561):0.0032027006169242506,38:0.24629813443071985):0.014820207840769109,37:0.261118342271489):0.004452045720649597,(36:0.2245863548447751,(((((((((((((((((((((((((((35:0.0022397628702230943,34:0.0022397628702230943):0.003340841098060654,33:0.005580603968283748):0.0065957795732532465,32:0.012176383541536995):0.002347283855206328,31:0.014523667396743323):0.013227334247407907,30:0.02775100164415123):0.003539861994661886,29:0.031290863638813116):0.008376824159426588,28:0.039667687798239704):0.0032501264398821506,27:0.042917814238121854):0.0009438087736455825,26:0.04386162301176744):0.00799932556086469,25:0.051860948572632126):0.0033222361359879216,24:0.05518318470862005):0.0007503631594346638,23:0.05593354786805471):0.0018920060893356516,22:0.05782555395739036):0.011281627977228648,21:0.06910718193461901):0.00910793399892218,20:0.07821511593354119):0.003946495797283622,19:0.08216161173082481):0.0031570756560572732,18:0.08531868738688209):0.004570490278221623,17:0.08988917766510371):0.0056853962479236075,(16:0.014356796040484565,(15:0.008839302217359624,14:0.008839302217359624):0.0055174938231249415):0.08121777787254275):0.03027265898843151,13:0.12584723290145883):0.035987426195474626,12:0.16183465909693345):0.007058411216736116,11:0.16889307031366957):0.0012870090338535922,10:0.17018007934752316):0.0012145331271035675,9:0.17139461247462673):0.0033816851316071372,8:0.17477629760623387):0.004225766558695165,7:0.17900206416492903):0.03642312595954464,6:0.21542519012447367):0.009161164720301429):0.04098403314736347):0.0098960212050615,5:0.27546640919720006):0.0029272441339033145,4:0.2783936533311034):0.009060365611938598,3:0.287454018943042):0.01975476414357687,2:0.30720878308661886):0.002579408383147689,1:0.30978819146976655):0.013764252268976197,0:0.32355244373874276):0.008645620785141545;