add notebooks to tests.py

Author: pwrose

example2/intermediate_data/dualbirth.tre

@@ -1 +1 @@
-((((((((((((((((((((((((((((((((((((((99:0.007824378269264964,98:0.007824378269264964):0.018072251698568798,97:0.025896629967833762):0.013087046679847003,96:0.038983676647680765):0.003070740806600747,95:0.04205441745428151):0.004161512339266704,94:0.046215929793548216):0.006535133362657708,93:0.052751063156205924):0.014844140542495526,92:0.06759520369870145):0.004900685666994725,91:0.07249588936569618):0.014592921727379221,90:0.0870888110930754):0.013224850755313017,89:0.10031366184838841):0.005381391193103602,88:0.10569505304149202):0.010799192387398682,87:0.1164942454288907):0.0035659797602725363,86:0.12006022518916323):0.00516807834971314,85:0.12522830353887637):0.01395957320693475,84:0.13918787674581112):0.00929222347533748,83:0.1484801002211486):0.00419349899223137,82:0.15267359921337997):0.006595406839918799,81:0.15926900605329877):0.00791105250367552,80:0.1671800585569743):0.0019354173690767362,(79:0.07816816921575201,(((((((78:0.0072120005740082815,77:0.0072120005740082815):0.00012098619840339442,76:0.007332986772411676):0.006614088292961562,75:0.013947075065373238):0.020866268802353316,74:0.034813343867726554):0.007317360850024823,73:0.04213070471775138):0.014242806374621997,72:0.056373511092373374):0.01936888897457678,71:0.07574240006695016):0.002425769148801854):0.09094730671029902):0.014046063352142327,70:0.18316153927819334):0.0019839695072201846,69:0.18514550878541353):0.0006503076227870608,68:0.1857958164082006):0.007125533572164028,67:0.19292134998036464):0.0017118530358596479,(66:0.0313615200835779,((((65:0.005698224122332396,64:0.005698224122332396):0.009577871507153501,63:0.015276095629485897):0.0066827911183988675,62:0.021958886747884765):0.004945335779924787,61:0.02690422252780955):0.004457297555768347):0.16327168293264638):0.01805626022610017,60:0.21268946324232446):0.007027607041103084,59:0.21971707028342752):0.0009223069073254903,58:0.22063937719075302):0.011113693874021904,57:0.23175307106477494):0.004457473501947237,56:0.23621054456672216):0.0011742110411780415,55:0.2373847556079002):0.006391241652749,54:0.2437759972606492):0.00913549410993765,(53:0.13534019073078832,(((((((((((((((((((((((((52:0.004380896932388245,51:0.004380896932388245):0.00939654521506511,50:0.013777442147453356):0.00031557750935218287,49:0.014093019656805539):0.002678891269056405,48:0.016771910925861944):0.016000880161238684,47:0.03277279108710063):0.001844806075588512,46:0.03461759716268914):0.008478307310896827,45:0.043095904473585966):0.007344199937137974,44:0.05044010441072394):0.010971911526622136,43:0.061412015937346076):0.005009354385273668,42:0.06642137032261974):0.000981148540350113,41:0.06740251886296986):0.0014239327878737273,40:0.06882645165084358):0.0025777584139064225,39:0.07140421006475):0.009440539928178393,38:0.0808447499929284):0.0021041253256294246,37:0.08294887531855782):0.004762620752460256,36:0.08771149607101808):0.00031816019706853993,35:0.08802965626808662):0.021211544042450098,34:0.10924120031053672):0.0011938884972013952,33:0.11043508880773811):0.00349131228518601,32:0.11392640109292412):0.0018351399132635338,31:0.11576154100618766):0.0013704401733738159,((30:0.025148697752609528,((((29:0.007300225621611256,28:0.007300225621611256):0.0019201546192222363,27:0.009220380240833492):0.0002761214381892807,26:0.009496501679022773):0.00022921488056659722,25:0.00972571655958937):0.015422981193020158):0.06490727462308105,(((((((24:0.010896678583781905,23:0.010896678583781905):0.0020591180516382757,22:0.01295579663542018):0.005162526607663587,21:0.018118323243083767):0.016343731233591563,20:0.03446205447667533):0.017749204218817233,19:0.05221125869549256):0.011709645538210883,18:0.06392090423370345):0.0021709878608481004,17:0.06609189209455155):0.023964080281139027):0.0270760088038709):0.002796626218892845,16:0.11992860739845432):0.002025154679261426,15:0.12195376207771574):0.003964578304692767,14:0.1259183403824085):0.009421850348379807):0.11757130063979854):0.01467170670457299,13:0.26758319807515984):0.0010898305130148736,12:0.2686730285881747):0.005983353865882862,11:0.2746563824540576):0.00028851039408298723,(10:0.07033298019484077,((((((((9:0.004284407196939732,8:0.004284407196939732):0.027295603644961697,7:0.03158001084190143):0.007899836012780603,6:0.03947984685468203):0.00504678834903427,5:0.0445266352037163):0.0014682391901433833,4:0.045994874393859686):0.003144487087852421,3:0.04913936148171211):0.013400256618381179,2:0.06253961810009329):0.0009147465327162818,1:0.06345436463280957):0.006878615562031204):0.2046119126532998):0.019027236837421996,0:0.2939721296855626):0.0077944718143324754;
+(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((99:0.0009837555885622296,98:0.0009837555885622296):0.012617995483941213,97:0.013601751072503443):0.01623194298567593,96:0.029833694058179372):0.006384384996249104,95:0.036218079054428476):0.001220073876505301,94:0.03743815293093378):0.019259239364383174,93:0.05669739229531695):0.0033714278457196434,92:0.060068820141036594):0.0020807292250444864,91:0.06214954936608108):0.00222461683497438,90:0.06437416620105546):0.002189466516701377,89:0.06656363271775684):0.03071457345210521,88:0.09727820616986205):0.0007657169468536784,87:0.09804392311671573):0.00307679784272169,86:0.10112072095943742):0.0033629292811728773,85:0.10448365024061029):0.01697244091923139,84:0.12145609115984168):0.005540723047795071,83:0.12699681420763675):0.008343383437540208,(82:0.0033637364602677744,81:0.0033637364602677744):0.1319764611849092):0.004898373954862811,(80:0.004031584790756104,79:0.004031584790756104):0.13620698680928367):0.011301155493334769,78:0.15153972709337454):0.0017657579105570809,77:0.15330548500393162):0.018298433637650435,76:0.17160391864158206):0.006318982832540704,75:0.17792290147412276):0.0018638034855667507,74:0.17978670495968951):0.0018284214586361536,73:0.18161512641832567):0.005416497788585661,72:0.18703162420691133):0.009267212160401689,71:0.19629883636731302):0.003229093489707374,70:0.1995279298570204):0.0014381859925296503,69:0.20096611584955004):0.00510062128909039,68:0.20606673713864043):0.0023196419109919597,67:0.2083863790496324):0.008186953842170913,66:0.2165733328918033):0.01966098795289062,65:0.23623432084469392):0.023093058624789636,64:0.2593273794694836):0.005416476731909689,(63:0.16872462647290276,((((((((((((62:0.013852158252180002,61:0.013852158252180002):0.015163672761747016,60:0.029015831013927018):0.011505252654723519,59:0.04052108366865054):4.1591481607983205e-05,58:0.04056267515025852):0.03282946738728776,57:0.07339214253754628):0.0017731699648132482,56:0.07516531250235953):0.01928157747403847,55:0.094446889976398):0.00678562932714355,54:0.10123251930354155):0.02449751556072144,53:0.12573003486426299):0.005815044565791905,52:0.1315450794300549):0.0030034531174717993,51:0.1345485325475267):0.01719363937150023,50:0.15174217191902692):0.016982454553875842):0.09601922972849049):0.007519046600015733,49:0.27226290280140897):0.0034530674134169853,(48:0.10640771037170249,(((((((((((((((((((((((47:0.0029250834750005894,46:0.0029250834750005894):0.0034355058569602304,45:0.00636058933196082):0.005440920788434167,44:0.011801510120394987):0.0007455197766266797,43:0.012547029897021666):0.001936381772736584,42:0.01448341166975825):0.015778063100820916,41:0.030261474770579166):0.0020704573613534727,40:0.03233193213193264):0.0012498280768054593,39:0.0335817602087381):0.004461021199604787,38:0.038042781408342885):0.00547685216693955,37:0.043519633575282435):0.0003616322744869338,36:0.04388126584976937):0.016992209382973023,35:0.06087347523274239):0.0004641055176082265,34:0.06133758075035062):0.005234768226126452,33:0.06657234897647707):0.007802722190871247,(32:0.03589049554668988,((((31:0.004374064132201427,30:0.004374064132201427):0.007809567397482786,29:0.012183631529684213):0.010285314389337052,28:0.022468945919021266):0.011331447459255684,27:0.03380039337827695):0.002090102168412933):0.038484575620658434):0.0004776542433548858,26:0.0748527254107032):0.0038950163626137457,25:0.07874774177331695):0.0016380131584897706,24:0.08038575493180672):0.00899443821535012,(23:0.0557023804511706,(((((22:0.00019410788092022457,21:0.00019410788092022457):0.006114619455001469,20:0.006308727335921693):0.016803595994933085,19:0.023112323330854778):0.009883422563005395,18:0.03299574589386017):0.0033475817365964944,17:0.03634332763045667):0.01935905282071393):0.03367781269598624):0.003647142194341868,16:0.09302733534149871):0.002991362644266138,15:0.09601869798576484):0.0019123888200362482,14:0.09793108680580109):0.003041806380459977,13:0.10097289318626107):0.005434817185441421):0.16930825984312348):0.022187307818901936,12:0.2979032780337279):0.016552930012233555,11:0.31445620804596147):0.004471811486065208,10:0.31892801953202665):0.004268322054257791,9:0.32319634158628446):0.0020627512451838123,8:0.32525909283146826):0.03432632789287199,7:0.35958542072434024):0.01858015943421981,(6:0.03417100561937009,(((5:0.01912907732847202,4:0.01912907732847202):0.0011476658873309509,3:0.020276743215802973):0.013695657037984421,2:0.033972400253787394):0.0001986053655826936):0.34399457453918997):0.0019973768060964053,1:0.38016295696465646):0.0015534782801391016,0:0.3817164352447956):0.003900630947679524;