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Enh/ap 25245 pixi env creator #47
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ce416a1
AP-25245: add pixi port to python scripting node
marc-lehner ecb8f80
AP-25245: move ports to dedicated plugin
marc-lehner 566f3c8
AP-25245: use pixi run in pixiPythonCommand for all pixi environment …
marc-lehner 9682bbf
AP-25245: add pixi port to python view
marc-lehner 65cbd5e
AP-25245: add pixi port to interactive execution
marc-lehner 5644fcb
AP-25245: replace pixi port with python port
marc-lehner 42072d1
AP-25245: add progress for the python port installation and make it c…
marc-lehner a840697
AP-25245: deprecate PythonCommand and use PythonProcessProvider from …
marc-lehner dce5538
AP-25245: only use import PixiPythonCommand from knime-conda (import …
marc-lehner c8b6f16
AP-25245: use debug instead of info log for trivial messages.
chaubold 0691a21
AP-25245: update all plugins to 5.11
marc-lehner 54aa7b5
AP-25245: move pixi code to python port
marc-lehner d461935
AP-25245: consistent nameing of python environment port and methods
marc-lehner b2afed7
AP-25245: rename pythonprocessprovider to externalprocessprovider
marc-lehner 8ba9737
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 6916163
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 0e0a587
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 75264f0
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode aed540d
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 0e150ca
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 4d32cbd
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 97d8a99
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode e11c36a
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 565e579
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 91734ff
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 117afb5
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 4e14218
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 313606c
AP-25245: Fixup
HedgehogCode 470e5e0
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 448dcf1
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 21c860d
AP-25245: FIXUP
HedgehogCode 6230861
AP-25245: WIP
HedgehogCode 6441929
AP-25245: WIP
HedgehogCode 276cf92
AP-25245: WIP
HedgehogCode File filter
Filter by extension
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| Original file line number | Diff line number | Diff line change | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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@@ -50,8 +50,10 @@ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.core.node.BufferedDataTable; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.core.node.context.ports.PortsConfiguration; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.core.node.port.PortObject; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.core.node.port.PortType; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.core.node.port.image.ImagePortObject; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.pixi.port.PythonEnvironmentPortObject; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.python2.port.PickledObjectFileStorePortObject; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.python2.ports.DataTableInputPort; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.python2.ports.DataTableOutputPort; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
@@ -61,6 +63,7 @@ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.python2.ports.PickledObjectInputPort; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| import org.knime.python2.ports.PickledObjectOutputPort; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /** | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * @author Marcel Wiedenmann, KNIME GmbH, Konstanz, Germany | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * @author Benjamin Wilhelm, KNIME GmbH, Berlin, Germany | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
@@ -71,6 +74,27 @@ private PortsConfigurationUtils() { | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| // Utility class | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /** | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * Check if the ports configuration contains a Python environment port. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * @param config the ports configuration | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * @return true if a Python environment port is present | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| */ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| public static boolean hasPythonEnvironmentPort(final PortsConfiguration config) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| final PortType[] inTypes = config.getInputPorts(); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| try { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| // Check if any input port is a PythonEnvironmentPortObject | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| for (final PortType inType : inTypes) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if (isPythonEnvironmentPort(inType)) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| return true; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } catch (NoClassDefFoundError e) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| // Python environment bundle is not available - this is fine since it's optional | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| return false; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /** | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * Extract the input ports from the given ports configuration. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
@@ -81,9 +105,21 @@ public static InputPort[] createInputPorts(final PortsConfiguration config) { | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| final PortType[] inTypes = config.getInputPorts(); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| int inTableIndex = 0; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| int inObjectIndex = 0; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| final var inPorts = new InputPort[inTypes.length]; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| // Count non-environment ports for the result array | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| int numNonEnvironmentPorts = 0; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| for (final PortType inType : inTypes) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if (!isPythonEnvironmentPort(inType)) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| numNonEnvironmentPorts++; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| final var inPorts = new InputPort[numNonEnvironmentPorts]; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| int portIndex = 0; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| for (int i = 0; i < inTypes.length; i++) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| final PortType inType = inTypes[i]; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| // Skip Python environment ports - they are not InputPorts in the traditional sense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if (isPythonEnvironmentPort(inType)) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| continue; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| final InputPort inPort; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if (BufferedDataTable.TYPE.equals(inType)) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| inPort = new DataTableInputPort("knio.input_tables[" + inTableIndex++ + "]"); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
@@ -92,11 +128,26 @@ public static InputPort[] createInputPorts(final PortsConfiguration config) { | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } else { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| throw new IllegalStateException("Unsupported input type: " + inType.getName()); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| inPorts[i] = inPort; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| inPorts[portIndex++] = inPort; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| return inPorts; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /** | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * Check if a port type is a Python environment port. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * @param inType the port type to check | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * @return true if the port type is a Python environment port | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| */ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| public static boolean isPythonEnvironmentPort(final PortType inType) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| try { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| return inType.equals(PythonEnvironmentPortObject.TYPE) || inType.equals(PythonEnvironmentPortObject.TYPE_OPTIONAL); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } catch (NoClassDefFoundError e) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| // Python environment bundle is not available - this is fine since it's optional | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| return false; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /** | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * Extract the output ports from the given ports configuration. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
@@ -135,4 +186,48 @@ public static OutputPort[] createOutputPorts(final PortsConfiguration config) { | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| public static OutputPort createPickledObjectOutputPort(final int outObjectSuffix) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| return new PickledObjectOutputPort("knio.output_objects[" + outObjectSuffix + "]"); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /** | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * Extract the Python environment port object from the input port objects, if present. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * @param inObjects the input port objects | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * @return the Python environment port object, or null if not present | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| * @throws IllegalArgumentException if a Python environment port is expected but not found | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| */ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| public static PythonEnvironmentPortObject extractPythonEnvironmentPort(final PortObject[] inObjects) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| for (final PortObject inObject : inObjects) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if (inObject instanceof PythonEnvironmentPortObject envPort) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| return envPort; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| throw new IllegalArgumentException( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| "Expected a Python environment port object in the input ports, but none was found."); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /*public static void installPythonEnvironmentIfPresent(final PortsConfiguration config, final PortObject[] inObjects, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| final ExecutionMonitor exec) throws IOException, CanceledExecutionException { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| final PythonEnvironmentPortObject envPort = extractPythonEnvironmentPort(config, inObjects); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if (envPort != null) { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PythonEnvironmentPortObject.installPythonEnvironmentWithProgress(config, inObjects, exec); | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| } | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| }*/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Comment on lines
+207
to
+214
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /*public static void installPythonEnvironmentIfPresent(final PortsConfiguration config, final PortObject[] inObjects, | |
| final ExecutionMonitor exec) throws IOException, CanceledExecutionException { | |
| final PythonEnvironmentPortObject envPort = extractPythonEnvironmentPort(config, inObjects); | |
| if (envPort != null) { | |
| PythonEnvironmentPortObject.installPythonEnvironmentWithProgress(config, inObjects, exec); | |
| } | |
| }*/ |
Comment on lines
+223
to
+228
Copilot
AI
Feb 12, 2026
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This code assumes exactly one environment port exists, but doesn't validate this assumption. If there are zero or multiple environment ports, this will create an incorrectly-sized array and may lead to ArrayIndexOutOfBoundsException.
Suggested change
| // Find and exclude the environment port | |
| final PortObject[] filtered = new PortObject[inObjects.length - 1]; | |
| int filteredIndex = 0; | |
| for (int i = 0; i < inObjects.length; i++) { | |
| if (!(inObjects[i] instanceof PythonEnvironmentPortObject)) { | |
| filtered[filteredIndex++] = inObjects[i]; | |
| // First count how many environment ports are present | |
| int envPortCount = 0; | |
| for (final PortObject inObject : inObjects) { | |
| if (inObject instanceof PythonEnvironmentPortObject) { | |
| envPortCount++; | |
| } | |
| } | |
| // If there is no environment port, nothing to filter out | |
| if (envPortCount == 0) { | |
| return inObjects; | |
| } | |
| // Find and exclude all environment ports | |
| final PortObject[] filtered = new PortObject[inObjects.length - envPortCount]; | |
| int filteredIndex = 0; | |
| for (final PortObject inObject : inObjects) { | |
| if (!(inObject instanceof PythonEnvironmentPortObject)) { | |
| filtered[filteredIndex++] = inObject; |
Comment on lines
224
to
230
Copilot
AI
Feb 11, 2026
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filterEnvironmentPort assumes exactly one environment port and blindly allocates inObjects.length - 1. If the configuration ever contains 0 or >1 environment ports (e.g., future changes, misconfiguration, or different port typing), this can either drop a data port or return an array containing trailing nulls (risking downstream NPEs). Allocate the filtered array by counting non-environment ports (based on inTypes) and fill it accordingly, or build a dynamic list and convert to array to guarantee correct sizing.
Suggested change
| final PortObject[] filtered = new PortObject[inObjects.length - 1]; | |
| int filteredIndex = 0; | |
| for (int i = 0; i < inTypes.length && i < inObjects.length; i++) { | |
| if (!isPythonEnvironmentPort(inTypes[i])) { | |
| filtered[filteredIndex++] = inObjects[i]; | |
| } | |
| } | |
| final int max = Math.min(inTypes.length, inObjects.length); | |
| // First pass: count non-environment ports within the overlapping range | |
| int nonEnvCount = 0; | |
| for (int i = 0; i < max; i++) { | |
| if (!isPythonEnvironmentPort(inTypes[i])) { | |
| nonEnvCount++; | |
| } | |
| } | |
| // Any remaining PortObjects beyond the typed range are treated as non-environment ports | |
| if (inObjects.length > max) { | |
| nonEnvCount += inObjects.length - max; | |
| } | |
| final PortObject[] filtered = new PortObject[nonEnvCount]; | |
| int filteredIndex = 0; | |
| // Second pass: copy non-environment ports from the overlapping range | |
| for (int i = 0; i < max; i++) { | |
| if (!isPythonEnvironmentPort(inTypes[i])) { | |
| filtered[filteredIndex++] = inObjects[i]; | |
| } | |
| } | |
| // Third pass: copy any remaining ports beyond the typed range | |
| for (int i = max; i < inObjects.length; i++) { | |
| filtered[filteredIndex++] = inObjects[i]; | |
| } |
Comment on lines
+222
to
+232
Copilot
AI
Feb 13, 2026
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The filterEnvironmentPort method assumes exactly one environment port exists and creates an array with length - 1. If there's no environment port in the array, this will create an array that's too small and cause an ArrayIndexOutOfBoundsException. The method should either count the number of environment ports first or check if any exist before creating the filtered array.
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The minimum version requirement for org.knime.core.ui has been lowered from 5.11.0 to 5.10.0, and for org.knime.workbench.editor from 5.10.0 to 5.9.0. These changes appear unrelated to the PR's purpose of adding pixi environment support. Verify that these version downgrades are intentional and necessary, as they may allow the bundle to run with older, potentially incompatible versions of these dependencies.